隧道烘箱是无菌制剂生产的关键设备，特别是对于非最终灭菌的无菌制剂尤为重要。
隧道烘箱承担着灭菌、除热源的功能，并且还要最大限度的控制可见异物和不溶性微粒的带入。在2010版中国药典附录中规定，250℃，45min的干热灭菌才可以除去无菌产品包装容器热源物质。
由于隧道烘箱的一头在洗瓶间、另一头与灌装间衔接，所以洗瓶间与灌装间的风压对隧道烘箱的风压平衡都有影响的。这两个房间的开门会引起房间内风压的变化，自然导致隧道烘箱风压平衡产生波动。
如果洗瓶间的门打开（产生泄压），会引起洗瓶间的风压减小，隧道烘箱内的风压相对增加。导致加热段更多的气流通过预热段泄入洗瓶间，多米诺骨牌效应造成冷却段的气流窜入加热段。相对加热段的热负荷就会降低，严重时影响隧道烘箱的Fh值。如果灌装间的门打开（产生泄压），会引起灌装间的风压减小，隧道烘箱内的风压相对增加。导致加热段更多的气流进入冷却段，使得瓶子的冷却效果不好。同样多米诺骨牌效应造成本来应该去预热段的湿气流倒回进加热段，这些湿气流不能够有效的排出，消耗了加热段大量的热能，必然导致隧道烘箱Fh值的降低。
在实际操作中，我们要谨防隧道烘箱的外界因素影响，要尽量避免人员进出洗瓶间和灌装间，最大限度的维持隧道烘箱的风压平衡，从而保障灭菌除热源的效果。